Ή τρίτη και τελευταία σύλληψη του έγινε στις 25 Σεπτεμβρίου 1958. Αιτία στάθηκε μάλλον το γεγονός ότι γύρω του είχε συγκεντρωθεί μεγάλος αριθμός μαθητών, κάτι πού θεωρήθηκε ώς άμεσος κίνδυνος στα μάτια του αθεϊστικού καθεστώτος.
Στήν δίκη, πού έγινε, ό κύριος μάρτυρας υπερασπίσεως του ήταν ό πρώην μαθητής και επίσης βαπτιστικός του, ό όποιος διαβεβαίωσε, ότι ό π. Ιλαρίων ποτέ δεν μίλησε για την «ειρήνη» με τήν έννοια πού κατανοούσαν οι αρχές (εννοώντας την εξόντωση τού κομμουνισμού).
Ό π. Ιλαρίων, επίσης, υπεράσπισε τον εαυτό του λέγοντας ότι απλώς ήθελε να «διαδώση τήν ειρήνη τού Χριστού».
Όπως προβλεπόταν, ή τελευταία άπόφασι τού δικαστηρίου ήταν 20 χρόνια φυλάκισι λόγω τής «εντατικής δραστηριότητός του εναντίον τού λαϊκού στρώματος και τής επαναστατικής του κινήσεως» και άλλα 20 χρόνια επειδή «συνωμοτούσε εναντίον τών άρχών». Μεταφέρθηκε πρώτα στις φυλακές τού GHERIA και μετά στο AIUD για να συμπληρώση τήν ποινή του.
Αφού άρνήθηκε να δεχθή όποιονδήποτε συμβιβασμό, σήκωσε τον σταυρό του μέχρι τέλους ώς αληθινός μαθητής τού Χριστού. Στις φυλακές τού AIUD ό π. Ιλαρίων έγινε ό κύριος καθοδηγητής και ό πνευματικός πατέρας τών φυλακισμένων μαζί μέ τον μεγάλο θεολόγο π. Δημήτριο SABAU Σύμφωνα μέ τον π. Ιωάννη 5303, ό όποιος βρισκόταν ήδη στή φυλακή, ό π. Ιλαρίων λειτουργούσε μέ απέραντο σεβασμό και εμφορούνταν τόσο πλούσια από τή χάρι τού Χριστού, ώστε ή προσευχή του ένέπνεε όλη τήν ομάδα τών φυλακισμένων να συμμετέχουν στήν ακολουθία μέ όλη τους τήν ύπαρξη, καρδιακά.
"Έγινε λοιπόν το AIUD ένα αληθινό μοναστήρι, «το μεγαλύτερο επίτευγμα τής ρουμανικής πνευματικότητας».
Στον ίδιο τόπο, στις φυλακές τού AIUD, εξ αιτίας όλων των βασανιστηρίων και των στερήσεων πού υπέστη και επειδή τού αρνήθηκαν κάθε ιατρική περίθαλψη, έκοιμήθη ώς αληθινός μάρτυρας στις 18 Σεπτεμβρίου 1961. Έτάφη στους κοινούς τάφους των φυλακών χωρίς σταυρό.
"Ενας φυλακισμένος, ό π. Ιωάννη BARDAS, περιγράφει τήν ημέρα κατά τήν οποία όλοι έμαθαν στο AIUD, διά μέσου χτυπημάτων στους τοίχους των κελλιών των φυλακών και στους σωλήνες μέ σύστημα Μόρς, ότι ό π. Ιλαρίων έκοιμήθη•
«Όταν μάθαμε ότι έκοιμήθη έν Κυρίω, αγρυπνήσαμε δύο βραδιές, μέχρι πού τον μετέφεραν στο κοινό νεκροταφείο των πολιτικών φυλακισμένων. Τήν δεύτερη βραδιά αυτοί πού βρίσκονταν στον κάτω όροφο, κοντά στο νεκροτομείο, στον χώρο πού κρατούσαν τούς νεκρούς, έδωσαν σήμα• “Αυτή τή στιγμή παίρνουν τον π. Ίλαρίωνα”!








