
Ο όσιος Ιωακείμ γεννήθηκε το 1786 από ευσεβείς γονείς, τον Άγγελο Πατρίκιο και την Αγνή, στον οικισμό Καλύβια, στο νησί της Ιθάκης. Στη βάπτισή του έλαβε το όνομα Ιωάννης, ενώ μόλις επτά χρόνια από τη γέννησή του ορφάνεψε από μητέρα. Έτσι, ο πατέρας του πραγματοποίησε δεύτερο γάμο. Η μητριά του, με το πρόσχημα ότι παραμελούσε τα καθήκοντά του στο σπίτι για να συχνάζει στην εκκλησία, τον απομάκρυνε από το σπιτικό του. Αφού δούλεψε για λίγο στο πλοίο του πατέρα του, μπάρκαρε μούτσος σε εμπορικό πλοίο και εργαζόταν σκληρά χωρίς ωστόσο να παραμελεί την προσευχή και τη νηστεία. Μία ημέρα το πλοίο έπιασε στο Άγιον Όρος και ο Ιωακείμ, που ήταν τότε δεκαεπτά ετών, πήγε να επισκεφθεί τη Μονή Βατοπαιδίου και στη στιγμή αποφάσισε να ζητήσει να γίνει δεκτός ως δόκιμος, παρά τις αντιρρήσεις του καπετάνιου του. Επέδειξε άριστη υπακοή, εκάρη σύντομα μοναχός με το όνομα Ιωακείμ και, λίγο μετά την κουρά του σε μεγαλόσχημο, του ανέθεσαν το διακόνημα του οικονόμου της μονής, όπου και παρέμεινε επί μία εικοσαετία. Οι συχνές επαφές του με τον λαό, που στέναζε κάτω από τον τουρκικό ζυγό και λιμοκτονούσε από έλλειψη πνευματικής τροφής, τον έπεισαν τότε ότι περισσότερο από ποτέ άλλοτε άξιζε να συνδεθεί η αγάπη του Θεού με εκείνην της αγάπης προς τον πλησίον.
Τον καιρό της Ελληνικής Επανάστασης και των ανείπωτων δεινών που επακολούθησαν, ανέλαβε, ως άλλος άγιος Κοσμάς Αιτωλός [24 Αυγ.], ιεραποστολικές περιοδείες για να παρηγορήσει τον λαό και για να ενισχύσει το εθνικό και χριστιανικό του φρόνημα. Υπηρετώντας ως ναύτης σε πλοίο, μοίραζε τρόφιμα κατορθώνοντας έτσι να σώσει πολυάριθμες οικογένειες στα Ιόνια νησιά. Μια νύκτα, καθώς το καράβι του είχε αράξει κοντά στην ακτή της Πελοποννήσου, άκουσε πυροβολισμούς και φωνές γυναικόπαιδων που έτρεχαν να ξεφύγουν από τους Τούρκους που τα κατεδίωκαν. Με όπλο του την προσευχή, πλησίασε στην ακτή και παρέλαβε τα γυναικόπαιδα κάτω από τα πυρά των στρατιωτών, χωρίς κανένας να πληγωθεί.
Όταν τα πράγματα ειρήνευσαν, αποσύρθηκε στην ησυχία στην Ιθάκη, ώστε να εξακολουθεί να μεταδίδει το έλεος του Θεού στον λαό χωρίς ωστόσο να θυσιάζει τη μοναστική του βιοτή. Έτσι έζησε πέντε χρόνια απογυμνωμένος από κάθε τι, βαθιά σ’ ένα δάσος, προσευχόμενος. Έφτασε σε υψηλό βαθμό θεωρίας της δόξης του Θεού και σιγά-σιγά οι κάτοικοι της περιοχής άρχισαν να έλκονται από αυτόν τον άνθρωπο του Θεού, που τον αποκαλούσαν «Παπουλάκη».